home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9410p.zip / M94A3152.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-10-25  |  3KB  |  40 lines
  1.        Document 3152
  2.  DOCN  M94A3152
  3.  TI    Comparison of human herpesvirus-6 (HHV-6) variant A and B genes.
  4.  DT    9412
  5.  AU    Yamanishi K; Yamamoto T; Isegawa Y; Mukai T; Osaka University, Japan.
  6.  SO    Int Conf AIDS. 1994 Aug 7-12;10(1):141 (abstract no. PA0182). Unique
  7.        Identifier : AIDSLINE ICA10/94369423
  8.  AB    OBJECTIVE: HHV-6 is now classifird into two variants such as HHV-6A and
  9.        HHV-6B. The gene product of putative immediate-early(IE) loci in HHV-6
  10.        variant A was reported to transactivate human immunodeficiency virus
  11.        (HIV). Here we report the comparison of sequences in strain HST, variant
  12.        B isolated from a Japanese patient with roseola infantum with those of
  13.        HHV-6A. METHODS: The virus used in this study was the HST strain and a
  14.        Pst I library was constructed using plasmid pUC19 and genomic DNA. Both
  15.        strands of DNA were sequenced by the dideoxynucleotide chain termination
  16.        method and the sequence of this virus was compared with those of variant
  17.        A which was already published(Martin et al., 1991). RESULTS AND
  18.        DISCUSSION: Approximately 70% of total DNA in HHV-6B was sequened,
  19.        including regions of IE loci. A computer search of one of the IE loci
  20.        uncovered a similarity to the IE locus of HHV-6 strain U1102 (J Virol,
  21.        1993). Both sequences were highly conserved except occasional base
  22.        changes, but U1102 had deletions of 108 and 228 base pairs within the
  23.        ORF. Furthermore, the HST ORF was 65 codons shorter than the ORF of
  24.        U1102 at the 3' end. The HST and U1102 ORFs shared approximately 85% DNA
  25.        homology and 70% amino acid homology. Although it was reported that the
  26.        product of this region in HHV-6A transactivated LTR of HIV, no or less
  27.        activity was found in HHV-6B. The comparison of DNA sequences in both
  28.        variants and the transactivation activity to HIV in other regions will
  29.        be discussed.
  30.  DE    Amino Acid Sequence  Base Composition  Base Sequence  Comparative Study
  31.        Conserved Sequence  DNA, Viral/*GENETICS/ISOLATION & PURIF  *Genes,
  32.        Immediate-Early  Herpesvirus 6, Human/*GENETICS  HIV/*GENETICS  *HIV
  33.        Long Terminal Repeat  Open Reading Frames  Sequence Deletion  Sequence
  34.        Homology, Amino Acid  Sequence Homology, Nucleic Acid  Software
  35.        Trans-Activation (Genetics)  *Variation (Genetics)  MEETING ABSTRACT
  36.  
  37.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  38.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  39.  
  40.